Hongcheng-LI/dsh-scientific

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dsh-scientific DeepSeek Harness 的科研计算插件套件 —— 让 DSH agent 直接做文献调研、分子对接、结构可视化、分子动力学。 中文 English 这是什么 dsh-scientific 是面向 DeepSeek Harness (DSH) 的科研计算插件 monorepo。把文献调研 → 靶点/配体准备 → 对接筛选 → MD 验证 → 组会汇报这条 全链路 ，统一到 DSH 的对话框里，让 agent 用 DSH 工具 + skills 按科研方法论一气呵成。 它 不是另一个 AI 助手 —— 是 DSH 的插件包，不开新窗口、不存新数据；DSH 在哪，它就在哪。 由合成生物学研究者在真实科研工作流中打磨。 仓库状态 模块 状态 说明 plugins/zotero ✅ 完成 Zotero 文献库检索/全文/附件/笔记，9 个工具 plugins/vina 🔲 骨架 AutoDock Vina 分子对接（规划中） plugins/pymol 🔲 骨架 PyMOL 无头脚本（规划中） plugins/chimerax 🔲 骨架 ChimeraX 无头脚本（规划中） plugins/gromacs 🔲 骨架 GROMACS MD 流程（规划中） skills/ ✅ 5 个 literature-review / batch-docking / docking-analysis / molecular-dynamics / journal-club workflows/ ✅ 3 个 literature-research / literature-to-slides / docking-workflow examples/ ✅ 2 个 vina-docking / gromacs-md 配置示例 骨架插件包结构齐全、装上不弄崩启动；通过 DSH plugin-check 审计。等核心算法 + UI 敲定后再注册工具。 三层架构 - Plugins = "能调什么"（DSH 工具） - Skills = "怎么干"（方法论，模型按需触发） - Workflows = "组合起来怎么用"（人读操作手册，含检查点） 快速开始 1. 装 DSH（WorkBuddy 用户可跳过） 2. 克隆并构建插件 3. 安装你需要的插件（按目录逐个） 本仓库是 monorepo， 根目录不是插件包 ，必须在 plugins/ / 目录打包后安装： 骨架插件（vina / pymol / chimerax / gromacs）目前不注册工具，安装也无副作用。 4. 试试看 DSH 对话框里说： 在我的 Zotero 里搜一下 2023 年以后的 CRISPR 相关论文，挑两篇读全文。 → 触发 zotero search → zotero…

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