moonbowterfly/dsh-bio-genie

moonbowterfly★ 1JavaScriptLast synced: 2026-08-15

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🧬 dsh bio analysis plugin for DeepSeek Harness — wish-style bioinformatics & biology analysis: Biopython-powered sequence analysis, genomics, zero-install Python env (uv+venv)

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🧬 dsh-bio-genie 中文 English 面向 DeepSeek Harness (dsh) 的生物信息学「许愿式分析」插件 dsh bio analysis · dsh biology analysis · deepseek harness bioinformatics · Biopython · sequence analysis · genomics 说人话,出结果。用户用自然语言描述生物学分析需求,dsh 的 agent 自动完成分析。 下载安装即用 —— 无需用户安装 Python 或 Biopython,插件首次运行自动引导完全隔离的 Python 环境。 ✨ 特性 特性 说明 🪄 许愿式分析(Wish Coding) 说人话就能分析: "这条序列的 GC 含量和 EcoRI 酶切位点?" 🧩 全功能覆盖 bio python 执行器可运行任意 Biopython 代码(比对、PDB、Phylo、motif、BLAST…),配合 14 个领域 skill 配方 ⚡ 高频语义化工具 11 个固定参数工具(GC 含量、翻译、限制酶、k-mer、文件 IO、Entrez…)——省 token、输出稳定、参数有校验 📦 零安装 自动下载隔离的 Python 环境(uv + venv + Biopython)到 $DSH HOME/dsh-bio-genie/ ,不污染系统 🇨🇳 国内网络友好 DSH BIO UV BASE 镜像开关加速 uv 下载(实测 GitHub 直连 12 分钟未完成 → 镜像 1-2 分钟) 🛡️ 环境隔离 Python 子进程以 -I (isolated)模式运行,不受宿主 PYTHONPATH 污染 📦 安装 本插件已发布为 npm 包 @dsh-bio/dsh-bio-genie ,使用 dsh 官方标准的 dsh plugin 命令安装: 安装后重启 dsh web 服务,插件即被加载。首次启动时插件会在后台自动引导 Python 环境(下载 uv → Python 3.12 → venv → biopython,约 1-2 分钟),之后秒级就绪。 验证插件层是否生效(无需启动): 故障排除:profile 已有本地包导致 pnpm 校验失败 若你的 profile 里已装过 不在 npm registry 的本地包 (如皮肤插件), dsh plugin add 触发的 pnpm 全量校验可能报 ERR PNPM FETCH 404 。此时可手动挂载(已验证可行): 然后在 /.dsh/profiles/web/package.json 中: - dependencies 添加: "@dsh-bio/dsh-bio-genie": "file:.../dsh-bio-genie" - dsh…

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