lovy2004/dsh-molbio-tools

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dsh-molbio-tools 面向 DeepSeek Harness 的 零依赖分子生物学研究插件 ：序列分析、引物自动设计与检查、限制性酶切模拟、GenBank 解析与质粒图谱、qPCR 分析、文献助手与实验台计算。除文献检索与存储外全部为确定性纯计算；插件由纯 .mjs 文件构成，可随 agent preset 目录整体复制分发。 提供的工具（39 个，模型可调用） 序列分析 工具 功能 molbio reverse complement 反向互补 / 互补链（IUPAC 简并码，自动忽略空白与数字） molbio gc content 整体 GC 含量 + 可选分窗口 GC 百分比 molbio translate 1/2/3/-1/-2/-3 或六框翻译（3 套密码子表），ORF 查找 molbio restriction sites 内置 90+ 限制酶 （v10 起含 IIS 型：BsaI/BsmBI/BbsI/BspQI/SapI/PaqCI/AarI/BtgZI/BsmFI/FokI 等，切点在识别位点外，显示标准 (N₁/N₂) 记法）位点搜索与酶切片段计算（线性/环状） 引物 工具 功能 molbio design primers 自动设计 PCR 引物对：Tm（SantaLucia 1998 NN，50 mM Na⁺/1.5 mM Mg²⁺/200 nM）、GC、GC clamp、run/发夹/自互补/二聚体约束，按 amplicon 窗口配对并排序 molbio design intron primers 跨内含子 qPCR 引物 （v10）：给定基因组序列 + 外显子坐标，正向引物跨外显子-外显子连接点（两侧各 ≥ min junction bases），反向引物位于另一外显子，基因组 DNA 无法扩增； min genomic span 强制最小基因组间距；输出剪接坐标 + 基因组坐标双套位置 molbio primer tm 单条引物 Tm 估算（Na⁺/Mg²⁺/dNTP 盐校正，von Ahsen 2001） molbio primer check 引物结构筛查：重复序列、自互补（3' 端加权）、发夹、引物对二聚体 质粒 工具 功能 molbio parse snapgene SnapGene .dna 文件解析 （研究者最常用的格式）：图谱名称、拓扑（环状/线形）、注释特征（类型/区段/链向/标签，支持多段 join 与 HTML 文本清洗）、序列、描述、accession、已保存引物 molbio plasmid map file 一步成图 ：直接读 .dna （SnapGene）或 .gb / .gbk （GenBank）文件， 把 SVG 图谱写入工作区文件 并返回 svg path （默认 .svg ，可用 o…

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