Hongcheng-LI/dsh-synbio

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dsh-synbio English 中文 DeepSeek Harness 的 合成生物学 科研工具插件：让 agent 直接检索生物医学文献（Europe PMC，覆盖 PubMed/MEDLINE）、查询通路/酶/化合物（KEGG）、检索蛋白三维结构（RCSB PDB）。纯 Node 实现，零核心改动，无需 API Key。 三个数据源均验证过国内网络直连可达。搭配 dsh-zotero 可形成"外部检索 → 全文阅读 → 写入文献库"的科研闭环。 工具一览（v0.1） 工具 作用 synbio paper search Europe PMC 文献检索（支持 AND/OR、TITLE:/AUTH: 等查询语法、年份区间） synbio paper abstract 按 PMID / PMCID / DOI / 检索式读取摘要全文 synbio kegg find KEGG 关键词查找：通路（默认）/ 酶(KO) / 化合物 / 反应 / 模块 / 物种 synbio kegg get 读取 KEGG 条目全文（map:map00010、ko:K00844、cpd:C00031、rn:R00258…） synbio pdb search PDB 结构全文检索（X-ray / cryo-EM / NMR） synbio pdb entry 读取结构详情：方法、分辨率、聚合实体、物种、原始文献 示例对话： 查一下 piericidin 生物合成相关的最新文献，找到负责吡喃环构建的酶之后，去 KEGG 看它的同源酶条目，再看看有没有相关的蛋白结构。 安装 装好后重启 dsh web ，默认配置即可用。可选配置（超时、返回上限、各数据源地址）见 cordis.patch.yml 内注释。 路线图 - v0.2 ：开放获取文献全文（Europe PMC fullTextXML）、RCSB 序列/配体实体、DBTL 循环工作流 skills（设计-构建-测试-学习） - 待网络条件 ：NCBI BLAST / GenBank、UniProt、iGEM Registry、MIBiG（这些源国内直连受限，计划支持代理配置） - 配合 DSH 的 skills/commands 能力，逐步构建合成生物学版的"半自动科研助手"（参考 claude-scholar 的工作流分层思路，内容为合成生物学方法论） 开发 结构遵循 DSH 插件规范： dsh.plugin.json 元信息、 cordis.patch.yml 运行时注入行、 src/ 源码、 lib/ 构建产物。 Synthetic biology research tools for DeepSeek Harness: literature search via Europe PMC (covers PubMed/…

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